人類全基因組ORF表達文庫

云舟生物擁有全面的人類全基因組開放閱讀框（ORF）資源，可提供滿足多樣化過表達篩選需求的ORF文庫構(gòu)建與篩選服務(wù)。我們每個單獨的ORF克隆均經(jīng)過全序列驗證，可用于快速構(gòu)建個性化的篩選文庫。我們的ORF文庫支持使用任何類型的載體骨架，可采用混合文庫或陣列文庫的方式構(gòu)建，并以高性價比的方式交付可立即用于實驗的質(zhì)?；虿《?。此外，該文庫中的每個ORF都可被單獨的barcode標(biāo)記以用于篩選實驗。我們的ORF文庫非常適合用于功能獲得性研究和驗證CRISPR或RNAi效果，是探究基因功能、疾病機制、治療反應(yīng)，以及精簡藥物開發(fā)流程的重要工具。

亮點

ORF表達文庫包含超過16,000種經(jīng)過序列驗證的人全基因組蛋白質(zhì)ORF編碼序列，經(jīng)濟性高、交付周期短。

靈活的載體設(shè)計，可選擇多種載體骨架（非病毒的、病毒的、轉(zhuǎn)座子系統(tǒng)的）、啟動子、標(biāo)記基因、蛋白標(biāo)簽等。每個ORF可以被一個唯一的barcode標(biāo)記以幫助其用于文庫篩選。

可構(gòu)建混合文庫或者陣列文庫，并可交付E. coli甘油菌或者可立即用于篩選實驗的質(zhì)粒或高滴度病毒。

強大的高通量文庫篩選能力，可在體外或多種體內(nèi)模型如小鼠、大鼠、以及非人靈長類（NHP）中進行。

從數(shù)據(jù)庫中選擇基因

文庫克隆

文庫QC

病毒包裝

體外或體內(nèi)篩選

目標(biāo)序列識別

服務(wù)詳情

服務(wù)模塊	描述	價格	周期
文庫設(shè)計	我們的服務(wù)流程從專業(yè)咨詢開始。我們的專家將根據(jù)您的需求為您設(shè)計合適的文庫。我們將指導(dǎo)您選擇使用合適的基因遞送系統(tǒng)，并根據(jù)您的篩選策略選擇合適的啟動子、蛋白標(biāo)簽和標(biāo)記基因，并優(yōu)化載體設(shè)計以獲得高信噪比和無偏差的測序結(jié)果。	免費	1-4 天
文庫克隆	我們實施大規(guī)模平行克隆，將經(jīng)過序列驗證的ORF克隆至所需的載體骨架中，然后進行嚴格的QC。對于混合文庫，我們保證高覆蓋度和高均一性。我們可交付E. coli甘油菌，也可以交付質(zhì)粒或高滴度病毒。陣列文庫可以以96孔板或384孔板的形式交付，也可以用matrix儲存管交付。	請咨詢	2-3 周
病毒包裝	我們將您的文庫質(zhì)粒包裝成高滴度、具有高覆蓋度且高均一性的病毒。關(guān)于我們的病毒包裝服務(wù)的詳細信息，請點擊此處查看。	請咨詢
混合文庫篩選	我們使用您的ORF文庫進行精簡的體外或體內(nèi)篩選。體內(nèi)篩選可以在嚙齒類動物模型或NHP模型中實施。我們還可插入barcode以更便捷地分析DNA或RNA水平的測序結(jié)果。
目標(biāo)序列識別	我們執(zhí)行篩選之后的后續(xù)步驟，包括從篩選的細胞制備基因組DNA或RNA，然后進行NGS測序和命中分析。我們將為您交付原始的和處理過的測序數(shù)據(jù)以及項目報告。

技術(shù)詳情

基因列表

我們的ORF集合包含超過16,000個基因，長度范圍從100 bp到10,000 bp不等，涵蓋多種類型的經(jīng)典信號通路，比如細胞生長和增殖、免疫反應(yīng)、發(fā)育和分化等。點擊此處下載ORF文庫的全基因列表。

文庫設(shè)計

細致的文庫設(shè)計是取得篩選實驗成功的基礎(chǔ)。以下是您在設(shè)計ORF文庫時需要考慮的關(guān)鍵因素：

基因遞送系統(tǒng)：用于ORF文庫的病毒和非病毒的基因遞送系統(tǒng)各有其獨特的優(yōu)勢和局限。在非病毒系統(tǒng)中，常規(guī)質(zhì)粒簡單且成本效益高，適合瞬時表達。PiggyBac是一種非病毒的、基于轉(zhuǎn)座子原理的系統(tǒng)。該系統(tǒng)可將轉(zhuǎn)基因整合到基因組中，并具有很大的轉(zhuǎn)基因裝載容量。在病毒系統(tǒng)中，慢病毒載體允許轉(zhuǎn)基因穩(wěn)定整合到基因組中，實現(xiàn)長期表達。AAV作為一種非整合型病毒類型的基因遞送系統(tǒng)，特別是對于體內(nèi)應(yīng)用具有高安全性且高遞送效率的特點，但其裝載容量較小。
啟動子：取決于您的實驗需求，您可能需要使用組成型、誘導(dǎo)型、或者組織特異性啟動子。比如使用組織特異性啟動子對于體內(nèi)實驗通常是有幫助的。點擊此處了解關(guān)于啟動子的更多信息。
藥篩標(biāo)記基因：在載體中包含抗生素抗性基因?qū)τ诤Y選成功轉(zhuǎn)導(dǎo)的細胞是必要的。如果您使用的是已經(jīng)帶有抗生素抗性的細胞系（例如，293T細胞對新霉素有抗性），請確保你的文庫選擇了不同的藥篩標(biāo)記基因。我們通常推薦使用嘌呤霉素抗性基因，因為它可以帶來快速有效的篩選效果。點擊此處了解關(guān)于藥篩標(biāo)記基因的更多信息。
蛋白標(biāo)簽：添加諸如His或者Flag的蛋白標(biāo)簽或者設(shè)計帶有GFP和mCherry的融合蛋白將有助于對ORF的表達檢測、純化以及定位。點擊此處查看云舟生物可提供的蛋白標(biāo)簽類型。
熒光/化學(xué)發(fā)光報告基因：在ORF表達載體上添加熒光或化學(xué)發(fā)光報告基因有助于對ORF表達的可視化并進行細胞分選，從而實時追蹤細胞事件。根據(jù)實驗需求，這些報告基因可以直接與ORF相融合以原位標(biāo)記目的蛋白，也可以被不同的啟動子驅(qū)動表達實現(xiàn)非原位的且獨立的表達效果監(jiān)測。關(guān)于報告基因的更多信息，請點擊此處了解。
Barcode：在混合文庫的篩選實驗中，使用細胞和分子barcode可對成千上萬種ORF進行經(jīng)濟且高效的分析。設(shè)計barcode在載體中的位置時需要策略性的考察，以確保測序結(jié)果的有效性以及與文庫克隆、篩選以及逆卷積過程的兼容性。

我們的文庫設(shè)計團隊可根據(jù)您的需求定制ORF文庫。如果您需要了解更多相關(guān)信息，可點擊此處發(fā)送設(shè)計咨詢。

混合文庫 vs. 陣列文庫

云舟生物的ORF文庫可以通過混合文庫或者陣列文庫的形式交付。這兩種形式均有各自的實驗方法與優(yōu)勢。

特點	混合文庫	陣列文庫
文庫構(gòu)建	攜帶barcode的所有ORF質(zhì)?；虿《净旌显谝黄?/td>	多孔板內(nèi)每孔分別對應(yīng)一種帶有barcode的ORF質(zhì)?；虿《?/td>
文庫篩選	高通量篩選	針對每個ORF的系統(tǒng)性研究
實驗方法	參照組和實驗組中均同時包含成千上萬種ORF	每孔獨立一個ORF
優(yōu)勢	對于大規(guī)模研究快速且高性價比，允許同時分析大量ORF	對實驗條件可以精確控制，減少交叉污染
不足之處	在沒有進行額外的逆卷積和驗證步驟時，識別表型所對應(yīng)的特定ORF具有挑戰(zhàn)性	因存在對ORF的個別處理和分析，需求更多的人力和成本

體外和體內(nèi)篩選

在體外和體內(nèi)系統(tǒng)中，云舟生物的專家團隊都可以為您進行ORF文庫篩選以識別富集的基因。體外篩選快速且技術(shù)簡單明了，使用您選擇的細胞系即可快速識別差異表達的基因。但是需要注意的是，文庫在體外篩選的結(jié)果有時并不能完全代表體內(nèi)篩選的結(jié)果，這是因為針對體外條件優(yōu)化的載體可能在體內(nèi)不具備相當(dāng)?shù)谋磉_效率。此外，對于在體外表現(xiàn)出特定表達模式的載體，其在體內(nèi)也可能會有不一樣的表現(xiàn)。

對于那些難以在體外培養(yǎng)又或包含在復(fù)雜組織結(jié)構(gòu)里的細胞類型，動物模型可以作為一個更可靠的體內(nèi)ORF文庫篩選平臺。盡管小鼠和NHP均被用于體內(nèi)篩選，為保證載體在基因治療應(yīng)用中的高效性，與人類高度相似的NHP模型通常更受青睞。體內(nèi)篩選有多種給藥途徑可供選擇，包括尾靜脈注射、面靜脈注射（用于新生小鼠和大鼠）、腦室內(nèi)注射、視網(wǎng)膜下腔注射、玻璃體內(nèi)注射、鼓室內(nèi)注射和肌肉注射等。我們所有的動物實驗均在獲得AAALAC認證的設(shè)施中進行。

將ORF文庫遞送至靶細胞或動物后，通過測定報告基因或barcode的表達來評估候選ORF的活性?？梢赃M行多輪篩選以確保對目標(biāo)的精準(zhǔn)識別。篩選后，提取細胞基因組DNA或總RNA，然后使用其測序和富集/耗竭的分析結(jié)果進行逆卷積處理。