VectorBuilder載體是如何命名的?
大多數(shù)情況下,載體中使用的元件名稱(chēng)(例如啟動(dòng)子和ORF)都是定義好的,而載體名稱(chēng)則由各元件名稱(chēng)組成,具體命名規(guī)則如下:
載體元件命名規(guī)則(如啟動(dòng)子、ORF和linker)
VectorBuilder常用元件庫(kù)的元件:使用元件的常用名字,如CMV, EGFP, Neo
- VectorBuilder基因庫(kù)中檢索的ORF:ORF命名由基因名稱(chēng)和其后面跟著的括號(hào)中的RefSeq accession組成(無(wú)RefSeq注釋的則使用Gene ID)。在基因名稱(chēng)的前面加上小寫(xiě)字母的,則表示種屬的縮寫(xiě)。具體命名規(guī)則如下:
- 人(human)、小鼠(mouse)、大鼠(rat)分別對(duì)應(yīng)縮寫(xiě)字母“h”、“m”、“r”
- 其他常見(jiàn)種屬則用兩個(gè)縮寫(xiě)字母來(lái)表示,例如:貓(cat)、黑猩猩(chimpanzee)、狗(dog)分別對(duì)應(yīng)“ct”、“ch”、“dg”。
- 罕見(jiàn)種屬則用學(xué)名的三個(gè)縮寫(xiě)字母加下劃線(xiàn)來(lái)表示??s寫(xiě)的首字母對(duì)應(yīng)屬名的首字母,其他兩個(gè)字母對(duì)應(yīng)種名的前兩個(gè)字母。例如:黑腹果蠅(Drosophila melanogaster)的縮寫(xiě)是“dme_”。
以NCBI RefSeq轉(zhuǎn)錄本庫(kù)的一個(gè)人類(lèi)ORF命名為例:hRHO[NM_000539.3]
以VectorBuilder ORF庫(kù)里的一個(gè)小鼠ORF命名為例:mRho[ORF032112]
以NCBI RefSeq轉(zhuǎn)錄本庫(kù)的一個(gè)黑腹果蠅ORF命名為例:dme_w[NM_057439.2]
以NCBI RefSeq轉(zhuǎn)錄本庫(kù)的一個(gè)E. coli ORF命名為例: eco_nhaA[944758] 用戶(hù)提供序列的元件:序列命名后才能把該序列添加到載體上,用戶(hù)提供的名字將顯示在大括號(hào)里。若用戶(hù)添加的序列跟VectorBuilder數(shù)據(jù)庫(kù)里的某一個(gè)元件完全相同,則該序列的名字會(huì)自動(dòng)變成 VectorBuilder元件庫(kù)里的名字。
以用戶(hù)提供的元件命名為例:{MyGene}
用戶(hù)編輯后的VectorBuilder ORF庫(kù)元件:當(dāng)一個(gè)來(lái)自VectorBuilder數(shù)據(jù)庫(kù)的ORF被用戶(hù)引入突變之后,會(huì)在原來(lái)的ORF名字上打上*的標(biāo)記來(lái)表示引入了突變。用戶(hù)可以選擇繼續(xù)使用這個(gè)名字,或者對(duì)它重命名。如果選擇重命名,則名字將顯示在大括號(hào)里,表示此名字是由客戶(hù)命名的。請(qǐng)注意,用“添加標(biāo)簽”功能添加到開(kāi)放閱讀框的蛋白標(biāo)簽不視為突變。
以VectorBuilder數(shù)據(jù)庫(kù)里一個(gè)經(jīng)過(guò)用戶(hù)編輯的ORF為例:自動(dòng)生成名字是hRHO[NM_000539.3]* ,用戶(hù)重命名后變成{MyGene}
允許用戶(hù)重命名的規(guī)則
為了確保名稱(chēng)的一致性,大多數(shù)情況下用戶(hù)不能改變自動(dòng)生成的元件名稱(chēng),但以下情況除外:
- 由用戶(hù)提供序列的元件需要由用戶(hù)來(lái)命名,并打上大括號(hào)表示此元件是由用戶(hù)命名的。
- 當(dāng)一個(gè)從VectorBuilder基因庫(kù)檢索出來(lái)的ORF被引入突變后, 該ORF名字上會(huì)被自動(dòng)打上*的標(biāo)記。用戶(hù)可以用這個(gè)名字命名,也可以對(duì)名字進(jìn)行修改。如果重命名,名字將顯示在大括號(hào)里,表示此名字是由用戶(hù)所命名的。
載體命名規(guī)則
- 所有載體名稱(chēng)都以字母“p”開(kāi)頭;
- “p”字母后面是載體骨架的縮寫(xiě),以下是常用骨架的例子:
RP: Regular plasmid,常規(guī)質(zhì)粒載體
LV: Lentivirus,慢病毒載體
MMLV: MMLV retrovirus,MMLV逆轉(zhuǎn)錄病毒載體
AV: Adenovirus,腺病毒載體
AAV: Adeno-associated virus,腺相關(guān)病毒載體
PB: PiggyBac transposon,PiggyBac轉(zhuǎn)座子
Tol2: Tol2 transposon,Tol2轉(zhuǎn)座子
ET, BAD or CS:各種細(xì)菌蛋白表達(dá)載體
SC: Saccharomyces cerevisiae,釀酒酵母蛋白表達(dá)載體
BV: Baculovirus,昆蟲(chóng)桿狀病毒蛋白表達(dá)載體 - 在載體骨架縮寫(xiě)后的中括號(hào)里添加其生物學(xué)應(yīng)用的縮寫(xiě),以下是常用生物學(xué)應(yīng)用的例子:
Exp:基因過(guò)表達(dá)載體
shRNA:干擾載體
gRNA:CRISPR系統(tǒng)所需的gRNA表達(dá)載體
En:增強(qiáng)子活性測(cè)試載體
載體命名示例
載體名稱(chēng):pLV[Exp]-Hygro-CMV>FLAG/hRHO[NM_000539.3]*/10xHis:IRES:3xNLS/EGFP/HA
說(shuō)明:
LV:載體骨架是慢病毒載體
Exp:生物學(xué)應(yīng)用是基因過(guò)表達(dá)
Hygro:抗性篩選標(biāo)記是潮霉素B
CMV:驅(qū)動(dòng)目的基因表達(dá)的啟動(dòng)子是CMV
FLAG/hRHO[NM_000539.3]*/10xHis:IRES:3xNLS/EGFP/HA:目的基因是含有多個(gè)ORF的多順?lè)醋?。第一個(gè)ORF是hRHO[NM_000539.3],序列被用戶(hù)編輯過(guò)(用*表示),其N(xiāo)端有FLAG蛋白標(biāo)簽,C端有10xHis標(biāo)簽;后面接著的是IRES和第二個(gè)ORF,第二個(gè)ORF是 EGFP,其N(xiāo)端有3xNLS標(biāo)簽,C端有HA標(biāo)簽。