使用病毒載體直接轉(zhuǎn)染細(xì)胞（而不是用活病毒）可以促進(jìn)靶基因（GOI）的表達(dá)，但是會(huì)存在一些問(wèn)題（見(jiàn)下文）。因此，我們建議將病毒載體包裝成病毒使用，而不是直接轉(zhuǎn)導(dǎo)細(xì)胞。

病毒轉(zhuǎn)導(dǎo)通常可以比質(zhì)粒轉(zhuǎn)染能更有效地將DNA傳遞到靶細(xì)胞中。當(dāng)使用逆轉(zhuǎn)錄病毒如慢病毒或MMLV時(shí)，病毒基因組可以整合到宿主細(xì)胞基因組，使得攜帶在病毒上的基因可以穩(wěn)定表達(dá)。相反，轉(zhuǎn)染的載體質(zhì)粒DNA僅在細(xì)胞中瞬時(shí)表達(dá)。與低MOI病毒轉(zhuǎn)導(dǎo)相比，質(zhì)粒的直接轉(zhuǎn)染通常會(huì)使細(xì)胞中DNA的拷貝數(shù)非常高，以致載體上攜帶的基因高水平表達(dá)。然而，這種方式是非常不均一的（一些細(xì)胞包含許多拷貝，而一些細(xì)胞只有很少或沒(méi)有）。

我們的慢病毒載體5' LTR內(nèi)含有強(qiáng)的RSV啟動(dòng)子，該啟動(dòng)子可用于在病毒包裝過(guò)程中驅(qū)動(dòng)病毒RNA基因組的轉(zhuǎn)錄。使用包裝好的慢病毒轉(zhuǎn)導(dǎo)細(xì)胞后，5' LTR的啟動(dòng)子活性失活，因此它不會(huì)影響兩個(gè)LTR之間靶基因（GOI）的表達(dá)。然而，如果病毒載體直接轉(zhuǎn)染細(xì)胞，5' LTR啟動(dòng)子將保持活性，這可能會(huì)導(dǎo)致許多不良效應(yīng)，包括激活、扭曲或抑制慢病毒載體中下游基因的表達(dá)。

另外，由于病毒生產(chǎn)必需元件的存在，病毒載體大小通常大于包含相同表達(dá)盒的常規(guī)質(zhì)粒。隨著質(zhì)粒大小的增加，DNA制備和質(zhì)粒轉(zhuǎn)染的效率都會(huì)下降。當(dāng)直接進(jìn)行質(zhì)粒轉(zhuǎn)染時(shí)，可能會(huì)導(dǎo)致轉(zhuǎn)染效率變得非常低下，特別是大于30 kb的腺病毒載體。

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