VectorBuilder設(shè)計(jì)和評估shRNA的規(guī)則與RNAi consortium（TRC）使用的規(guī)則類似。對于每個(gè)RefSeq轉(zhuǎn)錄本，我們會(huì)搜索出所有的21 mers作為候選靶位點(diǎn)。以下因素會(huì)降低干擾效率/特異性或影響克隆，含有這些特點(diǎn)的序列將會(huì)被排除。主要因素包括：含有≥4個(gè)連續(xù)相同堿基，含有≥7個(gè)G或C，GC含量<25％或> 60％以及序列的5'端含有AA堿基。如果靶點(diǎn)內(nèi)部含有莖環(huán)結(jié)構(gòu)，或是3'末端的GC含量較高，或是該靶點(diǎn)是已知的miRNA核心序列或是會(huì)打靶到其他基因，則該靶點(diǎn)的分值就會(huì)較低。若靶位點(diǎn)存在于一個(gè)基因的多個(gè)轉(zhuǎn)錄本，則該靶點(diǎn)的分值就會(huì)較高。

所有的干擾分值均≥0，平均數(shù)約為5，標(biāo)準(zhǔn)差約為5，95%的分值均≤15。若一個(gè)shRNA的干擾分值是15，則表示具有很高干擾效率且易于克??；若干擾分值為0，則表示干擾效果較差或難以克隆。

請注意干擾分值只是一個(gè)參考值。實(shí)際的干擾效果可能會(huì)與預(yù)測的分值有偏差，低分值的shRNA也可能產(chǎn)生較好的干擾效果。同時(shí)，靶向轉(zhuǎn)錄本的 3’ UTR也可以起到干擾作用。